造成胎儿停止发育的原因很多，并非每例病人都能找出确切的原因。但是有些原因是业内专家一致公认的。
由于染色体的数目或结构异常所致的胚胎发育不良，是流产最常见的原因，在自然流产中，遗传因素可占50%至60%。这也是一个自然淘汰的过程。导致胎儿染色体异常的原因很多，比如妈妈卵子异常，爸爸精子畸形，有毒化学物质的影响，放射线、高温等都会使胚胎染色体发生异常。
内分泌失调也是个重要原因。在内分泌门诊，经常会有“黄体功能不足”的患者，黄体功能不足可引起分泌期子宫内膜发育不良而致孕卵不易着床，或者卵虽然着床却早期流产。
孕妇感染也是导致胎停育的一个重要原因。有些比较小的病毒，比如风疹病毒、巨细胞等微小病毒，对母体不会产生什么影响，有的孕妇感染病毒后甚至没有任何症状，但对胎儿的影响可能是致命的。
环境污染对孕妇的影响也比较大，虽然目前还没有科学的研究数据，不过医生还是建议孕妇最好注意远离各种辐射，比如看电视最好距离两米以外等。
其实，在15%至20%的妊娠以流产告终的同时，还有30%至40%的隐型流产尚未被发现。不过，所有的因素作用在高龄孕妇身上时，“威力更大”
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